1、界定农村饮水工程的性质，明确事权划分
在中央政府与地方政府的事权划分上，与公共产品受益范围相关。中央政府提供的是全国性的公共物品，地方政府提供地区性的公共物品，因此农村饮水安全工程应属于地方事务，由地方政府负责解决。但从投资来讲，我国的财政政策和经济发展状况，决定了一些地方政府很难承担得起解决农村饮水安全的资金筹措责任，在这种状况下，中央政府可以给予适当的补助。因此，解决饮水安全问题的投资政策宜实行“地方为主、中央和地方政府统筹、农民适当承担、吸引社会资本”的原则。
2、特别重视和做好市、县、乡级的农村饮水安全工程规划
农村饮水工程的上马存在盲目性，影响了效益的发挥和工程的可持续性，没有很好的规划是主要原因。事实上，国家和省层次上的规划由于具有人力、物力等方方面面的优势，通常能得到全面、充分的研究和论证，而基层的规划则不然。因此，建议加强市、县、乡级的农村饮水安全规划方案的研究和论证。
3、制定切实可行的农村饮水安全的投资政策
4、开展农村饮水安全的融资方式研究，拓展融资渠道
5、积极探索新的农村饮水安全工程管理体制与运行机制
要提高认识，真正树立“三分建，七分管”和建设是基础、管理是关键的思想，把工程建后管理作为一项大事来抓。
农村供水工程面广量大，单个工程规模小，管理难度大，相当一部分农村供水工程产权不清，管理机构不健全，不少乡村饮水工程只有一、两个人管理，而且绝大多数是没有经过培训的农民，素质较低。加上广大的农村地区经济发展水平较低，农民承受能力差， 部分集中供水工程水价不合理，水费征收率低，喝“福利水”、“大锅水”的现象还普遍存在。
工程产权明晰是管理和运行的基础。在产权明晰的情况下，工程的管理应当由产权人进行管理。其中，工程产权属受益农户集体的，成立用水户协会管理；工程产权属农户集体与地方政府共同所有的，用水户协会与地方国有资产部门代表成立管理委员会，负责工程管理。
在运行机制方面，可根据工程规模大小，尝试多种形式，如所有权与经营权统一的管理模式；所有权与经营权分离的模式，如拍卖、承包、租赁等方式；混合模式，如股份制等。
6、加强适合农村的小型水质净化技术设备研究
开展适合农村的水质净化设备研究，目前没有技术瓶颈或障碍，只是一些水质净化技术和设备，存在建设费用高、运行成本高和管理水平要求高的问题，不适应农村供水工程分散、小规模、低成本的要求。应加强常规工艺的小型化、集成化研究，开展农村地区的一体化净水设备（CPF）应用研究，从而达到节约投资，降低运行成本。
7、做好农村饮水水源保护工作
8、供水水质检验和检测不到位的问题
农村饮水安全工程重点是要解决水质问题，要建立以水质为核心的取样、检验制度，使农民群众喝上放心水、卫生水。
解决方法主要是用户、管理单位、国家同时投资，建设片区检验室、流动检验室、供水单位采购快速浊度和余氯检测设备。