南京的二本院校主要有南京医科大学、南京中医药大学、南京财经大学、南京工程学院、南京审计学院、江苏警官学院、南京艺术学院、江苏第二师范学院、南京晓庄学院、南京大学金陵学院、东南大学成贤学院、南京特殊教育师范学院、南京航空航天大学金城学院、南京体育学院、南京工业大学浦江学院、南京师范大学泰州学院、南京医科大学康达学院、南京理工大学紫金学院、南京邮电大学通达学院、南京理工大学泰州科技学院、南京工业大学、南京邮电大学、南京林业大学等。
材料补充：
一本院校、二本院校、三本院校的区别：
1、一本院校、二本院校、三本院校是指中国高考录取招生的时候，录取批次和录取顺序分别在本科层次第一批次招生、第二批次招生、第三批次招生的学校。主要区别有办学范畴不同、录取批次不同、学费不同。
2、本科第一批（俗称一本），是指在中国高考录取招生的时候在本科层次第一批次招生的学校，录取线一般要达到本一线。
3、本科第二批（俗称二本），是指在中国高考录取招生的时候在本科层次第二批次招生的学校，录取线一般要达到本二线。
4、本科第三批（俗称三本），是指在中国高考录取招生的时候在本科层次第二批次招生的学校。
5、三本院校与一、二本院校都是属于“普通高等学校”教育系列，学制为4年，毕业证书和学位证书都是相同的“普通高等学校”教育证书。